EPISODE SEASON2
第1話「申年の始まり」
YEAR OF THE MONKEY
2016年、12モンキーズから共に逃走しながらウイルスを追うコールとラムゼ。未来を変えればラムゼの息子の存在は消えるため、お互いに相反する利害に葛藤していた。一方、重傷を負い、コールによって未来へ送られたライリー。ジョーンズ博士に命は救われるが、未来では”灰色の男たち”＝12モンキーズがジョーンズ博士のマシーンを手中に収めていた。
第2話「主要人物」
PRIMARY
ジェニファーはコールの説得に心を動かされ、ウイルスは炎に包まれ破壊される。裏切り者のラムゼだけでなくジェニファーの命も守ろうとするコールに背を向けたライリーは、ラムゼを拘束して2044年に戻っていく。ジョーンズ博士は世界の変化に気づいていたが、さらにマシーンによって過去に送られたメッセンジャーの動きを封じなければならないと主張する。
第3話「100年の旅」
ONE HUNDRED YEARS
コールとライリーとの緊張感は高まっていた。そんな中、ラムゼの記憶から1人の科学者の命が狙われていることを察知したジョーンズ博士は、コールとライリーを1944年のニューヨークに送り込む。２人は第二次世界大戦の最中、軍の顧問として生物兵器の開発に関わっていた科学者が、過去に送られたメッセンジャーの標的=主要人物であることを突き止めるが……。
第4話「救出作戦」
EMERGENCE
精神科病院に収容されていた、主要人物の1人であるトミーの死によって、過去に例を見ない深刻なパラドックスが起こる。ジョーンズ博士のいる世界にも影響は及び、森は赤く染まっていく。時の鎖が切れてコールとライリーが未来に帰還できなくなり、ジョーンズ博士はパラドックスを阻止して２人を無事帰還させるために、ラムゼを1944年に送り込む。
第5話「目撃者の言葉」
BODIES OF WATER
12モンキーズに次々と狙われる主要人物を守らなければ、パラドックスが起こり世界は崩壊する。2044年のジェニファーの指示により、ライリーは主要人物を捜すために2016年に向かう。だが、ライリーの案内役になるはずの若き日のジェニファーは、投薬により感覚が鈍っており話が通じない。一方、未来ではコールとラムゼがディーコンと対立していた。
第6話「不滅の男」
IMMORTAL
鍵を握る目撃者が狙う次の主要人物が判明する。その人物は退役軍人で、1970年代に”不滅の男”と呼ばれた連続殺人犯のカイル・スレイド。パラドックスを避けるためにカイルを守るべく、コールとラムゼは、彼の最後の犠牲者ビクトリアが殺される1975年７月２日のニューヨークを目指して過去に飛ぶ。ビクトリアに張り付き、カイルが現れるのを待つが……。
第7話「崩壊の危機」
MELTDOWN
2044年に戻ったライリーは、かつての恋人アーロンの姿を変えた目撃者に会った話をするが信じてもらえない。一人になったライリーは再び目撃者の姿を見るが、時の旅人である目撃者はライリーの意識とつながっており支配していたのだ。その時、転送室でマシーンが暴走し、施設は危険な状況に陥ってしまう。コールたちはマシーンを止めようとするが……。
第8話「子守唄」
LULLABY
今起きている崩壊の危機の責任は、タイムトラベルを開発した自分にあると思い込んだジョーンズ博士。2020年にライリーを送り、自分を殺すよう指示する。その年はジョーンズ博士の娘ハンナが死に、タイムトラベルの開発を決めた年だった。コールはライリーを止めるために後を追って同じ時代に向かうが、ライリーはすでにジョーンズ博士を殺したと言う。
第9話「ハイエナ」
HYENA
2016年、ジェニファーは精神科病院を襲って患者を解放し、ハイエナと名乗る女性だけの組織を率いて、裏で生物兵器に関わるマークリッジ社の研究所を襲撃していた。一方、2044年では時の嵐が激しさを増し、世界は混乱状態に。ジョーンズ博士は、もう1人主要人物を救えばパラドックスは避けられると言う。コールは、ある情報を得て2016年に向かう。
第10話「出生の秘密」
FATHERLAND
目撃者に見せられたビジョン＝タイタンこそが目撃者の居場所だと知ったライリー。妻と息子を殺されたラムゼと、愛する恋人アーロンを奪われたライリーは目撃者への復讐のため、ジョーンズ博士とコールの設定を勝手に変更し、コールを騙して３人で1961年に飛ぶ。ラムゼとライリーは情報を得るべく西ドイツに潜伏するナチスの残党カーシュナー博士を捜す。
第11話「復活」
RESURRECTION
巨大なパラドックスを食い止めるために、ジョーンズ博士はコールを1957年に送り込もうとしていた。そんな中、迫り来る時の嵐にのみこまれる寸前に、ラムゼとライリーは同じく目撃者への復讐に燃えるマシーンのプログラマー、アドラー博士と手を組み、マシーンでタイタンへ行くため施設を乗っ取る。彼らの計画に気づいたコールはジェニファーに協力を求める。
第12話「洗い流された血」
BLOOD WASHED AWAY
工場の爆発を未然に防いでパラドックスを止めるべく、1957年へのタイムトラベルを敢行したコールとライリー。工場に潜入して、主要人物とメッセンジャーの探索に専念する。一方、2044年ではラムゼが目撃者を倒すべく、”娘たち”とともにタイタンへ向かいながら壮絶なバトルを続けていた。そこへ過去から若いジェニファーがやって来て……。
第13話「明日の記憶」（最終話）
MEMORY OF TOMORROW
1957年に留まったコールとライリーは、やっと平和に暮らせる家を見つけて幸せな日々を送っていた。ある時、周りの時が止まり、コールの前に大きな秘密の鍵を握る主要人物リリアンが現れる。パラドックスがいまだ阻止できていないことを知り衝撃を受けるコールは、ある決意をする。コールたちはパラドックスを阻止して、世界を救うことができるのか？
Season1 : Film © 2015 Universal Studios. All Rights Reserved. Season2 : Film © 2016 Universal Cable Productions, LLC. All Rights Reserved. Artwork © 2017 Universal Studios. All Rights Reserved.
